Jednocześnie wiosną 1944 komenda Okręgu Wileńskiego AK podjęła ostateczne przygotowania do akcji "Burza". W połowie kwietnia tego roku, spośród rozkazu ppłk. Krzyżanowskiego utworzono główna kwatera operacyjny oddziałów partyzanckich, którego zadaniem było koordynowanie działań poszczególnych brygad AK oraz ekspansja ich szkolenia i struktury organizacyjnej. spośród początku czerwca 1944 główna kwatera – społem spośród komendantem Okręgu – przeniósł się w teren, na płd. odkąd Dziewieniszek. W poł. maja spośród brygad partyzanckich utworzono trzy zgrupowania bojowe: zgrupowanie nr 1 (Wileńskie) dowodzone na mocy mjr. Antoniego Olechnowicza ps. "Pohorecki", zgrupowanie nr 2 (Północne) – mjr. Mieczysława Potockiego ps. "Węgielny" i zgrupowanie nr 3 (Oszmiańskie) – mjr. Czesława Dębickiego ps. "Jarema".
Początkowo strona Polska nie przewidywała walk o większe miasta, bo obawiała się znacznych strat. ostatecznie zmieniono natomiast pierwotne ustalenia. komendant główny AK gen. Tadeusz Bór-Komorowski nakazał komendantom Okręgów "zajmowanie większych miejscowości po opuszczeniu ich na mocy Niemców, tudzież nim wkroczeniem Rosjan". robota Wilna miało egzystować testem dobrej woli władz sowieckich i ich zamierzeń wobec Polski. Na gruncie lokalnym materia zdobycia Wilna wyszła odkąd mjr. Macieja Kalenkiewicza ps. "Kotwicz", dowódcy Zgrupowania południe (Nadniemeńskiego) Okręgu Nowogródzkiego AK. Ppłk Krzyżanowski spośród entuzjazmem zaakceptował ten pomysł.
12 czerwca 1944 na odprawie w KG AK w Warszawie, na której byli ppłk Krzyżanowski i ppłk Janusz Prawdzic-Szlaski komendant Okręgu Nowogródzkiego AK, zostało to podobnie zaaprobowane na mocy Komendanta Głównego AK. Tego samego dnia gen. Bór-Komorowski upoważnił go do występowania w mundurze generała brygady. Miało mu to ułatwić negocjacje spośród dowództwem Armii Czerwonej.
19 czerwca ppłk Krzyżanowski powrócił do Wilna. nazajutrz w mundurze generała brygady przybył do sztabu polowego w Dziewieniszkach. 26 czerwca podpisał przepis operacyjny nr 1 "Ostra brama", zawierający zadania na rzecz poszczególnych zgrupowań. Tego samego dnia wydał podobnie przepis do żołnierzy AK. Następne dni upłynęły mu na wizytowaniu oddziałów obu Okręgów. Szybkie pęd Armii Czerwonej w stronę Wilna zmusiło go do przerwania inspekcji i powrotu do sztabu. w ciągu nocnej narady spośród 2 na 3 lipca wyznaczył datę rozpoczęcia operacji "Ostra Brama" na 7 lipca wieczorem. potem ze sztabem operacyjnym przeniósł się bliżej Wilna, do leżących 25 km na płd.-wsch. odkąd Wilna Wołkorabiszek.
Wobec błyskawicznej ofensywy wojsk sowieckich data uderzenia na Wilno została przyśpieszona o 24 h. Trudności w łączności sprawiły jednak, że nie wszystkie oddziały AK dowiedziały się o tym. 6 lipca w południe odbyła się w sztabie polowym ostatnia odprawa nim akcją. Ustalono na niej trasę przemarszu na Wilno. w porze wieczoru ppłk Krzyżanowski społem spośród pozostałymi oficerami dotarł na przedpole miasta, gdy ustalony wcześniej walki. Jednakże nazajutrz – wobec niesłychanie dużej przewagi Niemców – udał się wspólnie wycofującymi się oddziałami nazad do Wołkorabiszek.