Po aresztowaniu ppłk Krzyżanowski, w charakterze Jan Kulczycki, generał "Wilk", został przewieziony aż do więzienia w Wilnie, dokąd umieszczono go pospołu spośród pozostałymi oficerami AK. W trakcie kilku następnych miesięcy był płeć brzydka nieustająco przesłuchiwany. Był płeć brzydka zwieńczony pójść na ustępstwa wobec Sowietów, wszak zamiast chciał uzyskać gwarancje bezpieczeństwa dla ujawniających się żołnierzy AK. W międzyczasie 28 września 1944 ulepszony Wódz, gen. Kazimierz Sosnkowski, awansował go na wielkość pułkownika.
W maju 1945 płk Krzyżanowski został przewieziony aż do Moskwy. Po półtorarocznym pobycie w więzieniu na Butyrkach, przeniesiono go w październiku 1946 aż do obozu w Diagilewie w okolicy Riazania, w którym przebywali żołnierze i oficerowie AK. W lipcu 1947 został spośród kolei przewieziony aż do obozu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych w Griazowcu w okolicy Wołogdy.
11 sierpnia uciekł spośród obozu i na pocz. września dotarł aż do Wilna. Chciał płeć brzydka legalnie zaćmić granicę polsko-radziecką, więc udał się aż do pełnomocnika rządu polskiego ds. repatriacji, zanim którym ujawnił prawdziwe nazwisko i funkcję spośród AK. w następstwie 13 września został pozostały kiedyś zatrzymany na mocy Sowietów i osadzony w więzieniu na Butyrkach. wkrótce władze sowieckie dołączyły go aż do grupy obywateli polskich, mających egzystować odesłanych aż do Polski.
4 października 1947 znalazł się w kraju. Po powrocie płk Krzyżanowski stale występował przy własnym nazwiskiem, zaś gdyż jego położenie materialna była nie uregulowana, to niejednokrotnie przenosił się spośród miasta aż do miasta. Utrzymywał płeć brzydka podobnie kontakty ze swoimi byłymi podkomendnymi, wszak miały one jeno styl towarzyski. Uważał, iż konspiracja nie ma poprzednio sensu i przypuszczalnie przynieść spośród trudem kolejne aresztowania. Zamierzał poświęcić się jeno życiu rodzinnemu i pracy zawodowej. Wiosną 1948 r. podjął pracę na stanowisku dyrektora Centralnej Składnicy Rozliczeniowej Akcji Siewnej Dyrekcji Roszarń Lnu i Konopi w Pakości.
3 lipca w toku narady dyrektorów został aresztowany, tym w odniesieniu do jednego na mocy UB. przy koniec lipca został osadzony w więzieniu w Warszawie na Mokotowie. W październiku 1950 – niesłychanie chory – uczestniczył w charakterze obserwator w procesie przeciwko członkom Mobilizacyjnego Ośrodka Wileńskiego Okręgu AK.
Ostatecznie zmarł 29 września 1951 w szpitalu więziennym na gruźlicę. Jego kości zostały w tajemnicy zakopane na terenie Powązek między cmentarzem komunalnym i wojskowym. W marcu 1957 r. ekshumowano je i spośród kolei uroczyście przeniesiono na mogilnik wojskowy na Powązkach. 27 października 1994 minister obrony narodowej wręczył przyznane pośmiertnie na mocy prezydenta RP nominację generalską dla m.in. Krzyżanowskiego. dyplom i czapkę spośród odpowiednimi dystynkcjami odebrała jego córka, Olga Krzyżanowska.
W październiku 1989 imię płk. A. Krzyżanowskiego "Wilka" nadano jednej spośród ulic w Gdańsku-Wrzeszczu. Jest płeć brzydka podobnie patronem trzech szkół: gimnazjum we wsi Kadzidło k. Ostrołęki oraz szkoły podstawowej nr 3 w Busku-Zdroju, i szkoły podstawowej w Szumiłowie k. Torunia.