Z chwilą wybuchu wojny obronnej 1939 r. 26 DP wchodziła w skład Armii "Poznań" przy dowództwem gen. Tadeusza Kutrzeby. w pierwszej chwili zajmowała jej osoba pozycje na płd. brzegu Noteci, odkąd tego czasu została wycofana przy Inowrocław. 6 września przeszła aż do Armii "Pomorze" gen. Władysława Bortnowskiego jak jej odwód. Żołnierze 26 DP, a wśród nich mjr Krzyżanowski, uczestniczyli w Bitwie powyżej Bzurą, m.in. w uderzeniu na Łowicz. Po rozbiciu polskich jednostek na mocy Niemców mjr Krzyżanowski zebrał grupę ocalałych żołnierzy, przedostał się z nią w górska okręg Świętokrzyskie i w tym miejscu na świeżo podjął walkę z wojskami niemieckimi. Jego oddział został jednak mizerny w połowie października w rejonie Świętej Katarzyny.