W maju 1944 r. doszło aż do walk spośród batalionami Litewskiego Korpusu Posiłkowego wobec dowództwem gen. Povilasa Plechviciusa, który był w ogólności podporządkowany Niemcom. Chcąc zapobiec polsko-litewskiemu konfliktowi, ppłk Krzyżanowski wysłał pismo aż do gen. P. Plechaviciusa spośród propozycją zawarcia umowy o nieagresji oraz zawieszenia dotychczasowych walk wśród Polakami również Litwinami. Ci odrzucili lecz polskie warunki, bowiem domagali się szczególnie uznania Wileńszczyzny zbytnio wydział Litwy również spośród uwagi na spośród tym wycofania spośród niej wszystkich oddziałów AK. w następstwie odkąd początku maja 1944 r. doszło aż do wzajemnych walk (z osobistym udziałem ppłk. Krzyżanowskiego w części spośród nich), które doprowadziły w połowie maja aż do rozbicia litewskich oddziałów Korpusu w bitwie wobec Murowaną Oszmianką.
Komendant Okręgu Wileńskiego, chcąc unieszkodliwić konflikt polsko-litewski nim spodziewaną rozgrywką o Wilno, wystąpił spośród kolei aż do okolica litewskiej o ustanie wspólnych walk również ewentualne kooperacja przeciwko Niemcom, jednak znów zostało to przez Litwinów odrzucone. W czerwcu 1944 r. doszło aż do apogeum konfliktu. 20 czerwca oddział pomocniczej policji niemieckiej w zemście zbytnio sen wieczny kilku policjantów w starciu spośród brygadą "Łupaszki" wymordował w majątku Glinciszki 38 Polaków. W odpowiedzi ppłk Krzyżanowski rozkazał mjr. M. Potockiemu egzekucja odwetowego rajdu na okręg Litwy Kowieńskiej. spośród drugiej strony 5. zespół AK 23 czerwca zabiła 27 mieszkańców litewskiej wsi Dubinki (według części źródeł akcja ta została przeprowadzona bez powiadomiania komendy Okręgu).